5 Eylül 1573 tarihli, Lefkoşa kadısı ve Kıbrıs Beylerbeyi'ne hitaben yazılan bir belgede, gönüllüler ağası Haydar'ın kiliseyi tamir ederek camiye çevirmiş olduğu ve cami yanına hayrat olarak çeşme yaptırmasına izin verildiği kaydedildi. Haydar Ağa'nın ismi daha sonra halk arasında "Haydar Paşa"ya dönüştü. Caminin bakımını üstlenmek üzere "Haydar Paşa Cami-i Şerifi Vakfı" isimli bir vakfın varlığı kayıtlarda yer alırken, bunun yanı sıra Lapta'da mülkleri bulunan ve esasen Haremeyn-i Şerifeyn Vakfının parçası olan Haydar Paşazade Mehmet Bey vakfının da varlığı belgelendi. Bu vakfın mütevellisi 1709 tarihli şeriyye sicilinde Derviş Mehmet Ağa olarak kayda geçti.Tarihi olarak, civarda yaşayan Türk yerel ileri gelenlerinin sıkça kullanıldığı gibi "Ağalar Camisi" olarak da adlandırılmıştır.