Bağdat’ta doğdu. Babanzâdeler’den Mustafa Zihni Paşa’nın oğludur. Galatasaray Sultânîsi ve Mülkiye Mektebi’nde okudu. Bir ara Hariciye Nezâreti Tercüme Kalemi’nde çalıştıktan sonra Maarif Nezâreti Yüksek Tedrisat müdürlüğüne getirildi (1911-1912). Galatasaray Sultânîsi’nde Arapça okuttu (1912-1914) ve Maarif Nezâreti Telif ve Tercüme Odası üyeliğinde bulundu (1914-1915). Daha sonra Dârülfünun Edebiyat Fakültesi’nde felsefe, mantık, ruhiyat ve ahlâk dersleri müderrisliğine başladı (1915); bu görevini Dârülfünun’un lağvedilmesine kadar (1 Temmuz 1933) aralıksız sürdürdü. Bu tarihte üniversite yeniden kurulurken açıkta bırakıldı. Ahmed Naim İstanbul’da 13 Ağustos 1934 Pazartesi günü öğle namazının ikinci rek‘atında secdede vefat etti. Mehmed Âkif, “Naim’in vefat haberi üzerime dağ gibi yıkıldı” diyerek üzüntüsünü dile getirirken aynı zamanda onun kaybının büyüklüğüne de işaret etmiş oluyordu. Kabri Edirnekapı Mezarlığı’nda, dostu Mehmed Âkif Ersoy’un mezarının yanındadır.